Микро- и нанотехнологии предполагают изготовление устройств с характерными размерами элементов до 1 микрона и менее 100 нанометров соответственно. Это означает, что, во-первых, любая частица пыли (характерный диаметр частиц пыли от долей микрона до долей миллиметра) или человеческий волос (диаметром 70 –110 микрон), могут накрыть/испортить создаваемые технологами структуры и устройства, как ствол дерева, упавший на спичечный коробок. Во-вторых, при изготовлении используются ультрачистые реагенты и газы, которые, например, позволяют получать атомарно - гладкие пленки структурно идеальных материалов, поэтому наличие в окружающем воздухе посторонних примесей может полностью разрушить задуманный учеными эксперимент. Для исключений подобных факторов в современных технологических центрах применяют совершенные системы подготовки воздуха.
При проектировании технологического центра НОЦ ФМН особое внимание было уделено принципиальной схеме подготовки воздуха, компоновке элементов системы, их интеграции в существующее здание и систему инженерных коммуникаций, а также инструментов автоматического мониторинга и управления системой подготовки воздуха, так как выбор технических решений именно этой части инфраструктуры во многом определяет результирующий класс чистоты помещений технологического центра, стоимость периодического обслуживания и эксплуатационную стоимость (стоимость «владения»).
При реализации системы подготовки воздуха использованы оборудование и комплектующие ведущих производителей Германии, Швейцарии и США.